学院现有桂林理工大学生态文明研究中心、桂林理工大学环境检测中心、桂林理工大学环境保护研究所、漓江生态与环境研究中心4个科研机构，现有3个科研团队，分别是广西自然科学基金创新研究团队（有色金属矿区的环境污染与植物地球化学及修复研究团队）、广西高等学校高水平创新团队（西部地区环境类区域性行业废水治理与用水安全保障）以及广西八桂学者科研团队（环境科学与工程），科研能力强劲，并获得过多次广西科技进步奖、广西自然科学奖、桂林市科技进步奖、国土资源部科技进步奖、中国有色金属科技奖、广西青年科技奖等荣誉奖项。